Mengikuti upaya heroik agensi crypto-zoological Monarch ketika anggotanya berhadapan dengan baterai monster seukuran dewa, termasuk Godzilla yang perkasa, yang bertabrakan dengan Mothra, Rodan, dan musuh bebuyutannya, Raja Ghidorah yang berkepala tiga. Ketika super-spesies purba ini – yang dianggap sebagai mitos belaka – bangkit kembali, mereka semua bersaing untuk mendapatkan supremasi, membuat keberadaan manusia sangat tergantung dalam keseimbangan.