Setelah ledakan mendadak di pulau Edge of Ocean di Tokyo, Tōru Amuro, nama kode Zero, mulai menyelidiki. Sementara itu, mata pribadi Kogorō ditangkap sebagai tersangka, sehingga Conan Edogawa melakukan penyelidikan sendiri untuk membuktikan bahwa dia tidak bersalah, tetapi Amuro menghalangi.