Ini adalah tahun kedua dari Periode Kowa. Dunia telah bersatu di sekitar Federasi Serikat Bangsa yang direorganisasi, dan telah menikmati berhari-hari perdamaian yang berkelanjutan, tetapi sekarang, perdamaian itu tiba-tiba berakhir. Suzaku, saat bepergian sebagai pria bertopeng “Zero” yang menemani Nunnally pada kunjungannya ke kamp pengungsi, dikalahkan oleh Knightmare Frame yang misterius, dan mereka berdua dibawa pergi. Mengikuti perintah rahasia dari Schneizel, Kallen, Lloyd dan Sayoko menyusup ke Zilkistan, Negeri Prajurit, di mana mereka diserang oleh pengguna Geass yang misterius. Di Zilkhstan ada seseorang bernama C.C., yang dikenal oleh para penyerang sebagai “mantan penguasa”. Di kerajaan tak tergoyahkan yang pernah menaklukkan bahkan pasukan besar Kerajaan Britania Raya, apa yang diinginkan orang-orang? Harapan, atau putus asa? Orang-orang Istana Zilkhstan tentu tahu tentang Geass. Apa yang mereka, dan C.C., rencanakan?